В тот же период формируются и начинают действовать спецгруппы НКВД — НКГБ из добровольно сдавшихся властям или взятых в плен членов ОУН,УПА,СБ и Украинской Национальной Самообороны. В Ровенской и Волынской областях в эти отряды также включались бывшие красные партизаны из местного населения. По своему внешнему виду и вооружению, знанию местных бытовых особенностей языка и конспиративным способам действий личный состав специальных групп ничем не отличался от «бандитов» УПА, что вводило в заблуждение аппарат живой связи и «главарей» подполья ОУН, давало возможность участникам спецгрупп вступать с ними в непосредственный контакт. При умелой организации и управлении эти группы действовали чрезвычайно эффективно. В то же время при отсутствии должного контроля и качественной подготовки состава групп были случаи перехода на сторону ОУН или же превращение таких групп в криминальные банды. Всего по данным НКВД УССР за период с февраля по 31 декабря 1944 года было проведено 6495 операций, в которых было уничтожено 57405 «бандитов», 50387 захвачено и задержано и 15990 явилось с повинной (данные потерь по всему националистическому подполью западной Украины). Из УССР было выслано 4744 семей (13320 человек) «бандитов и бандпособников». В результате операций было захвачено вооружения: 1 самолет (У-2), 1 бронемашина и 1 бронетранспортер, 35 орудий, 323 миномета, 321 станковый и 2588 ручных пулеметов, 211 ПТР, 18,6 тыс. винтовок, 4,2 тыс. автоматов и другое вооружение и снаряжение среди которого были 135 раций и 18 типографий. Потери советской стороны за тот же период -убитыми и повешенными — при проведении операций и в результате «бандпроявлений» составили: сотрудники НКВД-НКГБ — 221 (37 пропали без вести или уведены «бандитами»), офицеры ВВ НКВД и Красной Армии — 157 (11), солдаты и сержанты 1880 (80), совпартактива 904 (127), местные жители — 1953 (248) и бойцов истребительных батальонов — 40 (230). Всего было зафиксировано 2903 «бандпроявлений» со стороны ОУН-УПА[129][130]. Бесперспективность прямых боев и высокие потери в рядах ОУН-УПА ещё в середине ноября 1944 привели к появлению инструкции об отказе от прямых столкновений переходе ОУН-УПА к «диверсионно-террористическим акциям против советского режима». Это хоть и усложнило ликвидацию националистического подполья, но не изменило ситуацию в целом. Уже в начале февраля 1945 руководство ОУН-УПА ликвидирует высшие командные посты в подразделениях УПА (куренной и сотник) и рекомендует перейти к действиям взводами и отделениями. Отказ от активных действий, утрата многих баз и известных командиров, сокращение социальной базы и успешные действия советских войск порождали в среде ОУН-УПА настроения отчаяния, неверия и желание продолжать небезопасную и довольно часто голодную подпольную жизнь. В результате этого только за 1 полугодие 1945 явилось с повинной 25868 участников ОУН-УПА. Количество военно-чекистских операций также возросло до 9.238 в результате которых было убито 34210 и захвачено 46059 участников ОУН-УПА среди которых было 1008 руководящего состава — от командира сотни и выше по УПА и от районного работника и выше по ОУН. Среди них были уничтожены — командир УПА Дмитро Клячкивский, начальник штаба УПА «Карпович», захвачены в плен — члены Центрального Провода ОУН — «Орест» и « Гарматюк» и многие другие. Среди вооружения захваченного у ОУН-УПА было 6 орудий, 125 минометов, 74 ПТР, 125 минометов, 2292 пулемета,4968 автоматов и 17030 винтовок и прочее вооружение. Основые потери ОУН-УПА понесло до мая 1945 года. Очень эффективно действовали ряд спецгрупп из бывших членов ОУН-УПА - на 26.07.1945 августа силами спецгрупп было ликвидировано 1958 членов УПА и СБ и 72 члена ОУН; захвачено живыми — 1142 УПА и СБ и 93 члена ОУН. Кроме того ими было передано властям 211 «бандпособника» и 639 человек уклоняющихся от службы в Красной Армии. По систоянию на 20.04.45 в Ровенской и Черновицких областях действовало 74 группы численностью 1004 человек; на 20.06.45 во Львовской, Дрогобчской и Волынской области действовало 69 групп со 668 бойцами; в Станиславской на 20.05.45 было 11 групп с 79 бойцами; в Тернопольской на 15.05.45 действовало 2 группы с 34 бойцами. К весне 1945 о существовании подобных групп стало известно руководству ОУН-УПА — в связи с этим к июлю создание новых групп было прекращено, а существующие группы были сведены в большие отряды и действовали очень осторожно. В то же время ОУН-УПА начало подозревать настоящие отряды ОУН-УПА в том, что они спецгруппы. Кроме того было арестовано 5717 «бандпособника» и выселено за пределы УССР 5395 семей «бандитов») — 12773 человек. Потери советской стороны при операциях против ОУН-УПА убитыми — 692 человека (бойцов истребительных батальонов, совпартактива, офицеров, сержантов и солдат войск НКВД и сотрудников НКВД-НКГБ); в результате действий ОУН-УПА было убито 4013 и уведено 1209 человек — преимущественно местных жителей. Всего за 1 половину 1945 было зарегистрировано 2207 (629 во Львовской облати) «бандпроявления» из которых 11 были нападения на райцентры. В результате существенного сокращения численного состава УПА к лету 1945 в ней были ликвидированы многие службы (жандармерия, мобслужба и ряд других) функции которых были частично переданы «гражданскому» подполью и СБ, уцелевшие отряды были из «военных округов» переименованы и группы и фактически подчинены региональному подполью ОУН. За второе полугодие советской стороной (по данным НКВД УССР) было уничтожено 11698 и захвачено 14339 участников ОУН и УПА ещё 8227 явилось с повинной. Из УССР было выслано 1998 семей (4724 человека).